สนช. มุ่งสร้างความสามารถทางนวัตกรรม (Innovation Capability) ของนวัตกร ผู้ประกอบการนวัตกรรม องค์กรเอกชน องค์กรรัฐและรัฐวิสาหกิจ เพื่อให้เกิดการไต่ระดับพัฒนาการทางนวัตกรรม (Innovation Ladder) โดยอาศัยเครื่องมือที่หลากหลายที่ได้รับการออกแบบอย่างเป็นระบบให้เหมาะสมกับความต้องการที่แตกต่างของผู้รับบริการ เริ่มตั้งแต่

• การประเมินความสามารถทางนวัตกรรมที่จะทำให้ทราบถึงศักยภาพในปัจจุบันขององค์กร
• การบริหารให้คำปรึกษาที่หลากหลายและเหมาะสมกับความต้องการในสถานะการพัฒนาต่างๆ
• การยกระดับความสามารถและการพัฒนาศักยภาพทางนวัตกรรมทั้งในระดับองค์กรและบุคคล

สนช. ยังได้ริเริ่มเครื่องมือบริหารจัดการสมัยใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง ได้แก่ "การจัดการนวัตกรรมทั้งองค์กร" หรือ Total Innovation Management (TIM) ขึ้น โดยได้ศึกษาและวิเคราะห์ระบบต้นแบบระดับนานาชาติ ได้แก่ Business Excellence Niche Standard Innovation ของหน่วยงาน Standards, Productivity and Innovation for Growth (SPRING) ประเทศสิงคโปร์ The EFQM Framework for Innovation ของ European Foundation for Quality Management (EFQM) ของยุโรป และ The functional innovation system model (The Deutsche Gesellschaft für Internationale Zusammenarbeit GmbH หรือ GIZ) ของประเทศเยอรมนี ผนวกกับผลการวิเคราะห์องค์กรผู้นำด้านนวัตกรรมของประเทศไทย จนได้เป็น “กรอบการสร้างความเป็นเลิศด้านนวัตกรรม” หรือ Total Innovation Management Framework (TIM Framework) และได้นำมาใช้จัดทำ “คู่มือเกณฑ์ประเมินระบบริหารจัดการนวัตกรรมทั้งองค์กร (TIM Manual)” เพื่อใช้เป็นแนวทางการวัดและประเมินผลการดำเนินงานด้านนวัตกรรมขององค์กรอย่างเป็นระบบ
ในปี 2559 สนช. ร่วมกับ ตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย และตลาดหลักทรัพย์ เอ็ม เอ ไอ  จัดกิจกรรมโครงการส่งเสริมความสามารทางนวัตกรรมสำหรับผู้ประกอบการในตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย เพื่อเสริมสร้างความเข้มแข็งให้กับผู้ประกอบการในตลาดทุน สามารถเข้าใจศักยภาพของบริษัทเพื่อนำไปสู่การคิดค้น รังสรรค์นวัตกรรมที่ตอบสนองความต้องการลูกค้า ตลอดจนการสร้างความยั่งยืนทางธุรกิจให้แก่องค์กรที่เข้าร่วม สนช. ซึ่งมีภาระกิจในการส่งเสริมและสนับสนุนผู้ประกอบการนวัตกรรมได้มีการริเริ่มพัฒนาโครงการ “การจัดการนวัตกรรมทั้งองค์กร หรือ Total Innovation Management (TIM)” ขึ้น เพื่อใช้เป็นเครื่องมือสำคัญในการสนับสนุนภาคเอกชนให้สามารถพัฒนานวัตกรรมขึ้นในองค์กรได้อย่างต่อเนื่องและมียุทธศาสตร์ ตลอดจนสามารถสร้างวัฒนธรรมนวัตกรรมขึ้นในองค์กรได้อย่างเป็นระบบ และจะนำองค์กรไปสู่ความเป็นเลิศทางนวัตกรรมและยั่งยืน และมีโอกาสพัฒนาศักยภาพเชิงองค์กรทางนวัตกรรมไปสู่ระดับที่สามารถเข้ารับรางวัล “องค์กรนวัตกรรมยอดเยี่ยม” ซึ่งจัดขึ้นเป็นปีแรกของประเทศไทย