NIA มีการพัฒนาเครือข่ายความร่วมมือทั้งในด้านธุรกิจและนวัตกรรมระดับประเทศทั้งในระดับเมืองและส่วนภูมิภาค รวมทั้งการพัฒนาเครือข่ายระดับนานาชาติ ผ่านกิจกรรมและโครงการต่างๆ ดังนี้

การพัฒนาเครือข่ายธุรกิจ

ผ่านกิจกรรม Business Networking, Business Matching, Startup Demo Day การเปิดเวทีให้สตาร์ทอัพได้มาพบกับนักลงทุนและบริษัทร่วมลงทุนต่างๆ เช่น กิจกรรมพัฒนาระบบนิเวศด้านการลงทุน (Angel Investor Network in Action) โดยดำเนินการภายใต้ชื่อกิจกรรม "Angels Meet Startups" กิจกรรมพัฒนาระบบนิเวศด้านการตลาด (Startup Thailand Marketplace) และกิจกรรมบริการให้คำปรึกษาด้านธุรกิจเชิงลึกแก่วิสาหกิจเริ่มต้น (Online Consulting)

การพัฒนาเครือข่ายนวัตกรรม

• ระดับภูมิภาค ผ่านการพัฒนานวัตกรรมเชิงพื้นที่และภูมิภาคโดยการจัดทำโครงการย่านนวัตกรรม (Innovation District) และโครงการส่งเสริมวิสาหกิจเริ่มต้น (Startup) วิสาหกิจขนาดกลางและขนาดย่อม (SMEs) ในระดับภูมิภาค
• ระดับประเทศ ผ่านเครือข่ายนวัตกรรมประเทศไทย (Innovation Thailand Alliance)
• ระดับนานาชาติ ผ่านการทูตนวัตกรรม (Innovation Diplomacy) และ โครงการศูนย์กลางวิสาหกิจเริ่มต้นระดับโลก (Global Startup Hub)

การพัฒนานวัตกรรมเชิงพื้นที่และภูมิภาค

โครงการย่านนวัตกรรม (Innovation District) 

การพัฒนาย่านนวัตกรรมเป็นการพัฒนาเมืองในพื้นที่ขนาดเล็กที่มีความเข้มข้นด้านธุรกิจนวัตกรรมประเภทต่างๆ มีความพร้อมของโครงสร้างพื้นฐาน และกลไกในการดึงดูดการลงทุนเพื่อเป็นศูนย์กลางในการขับเคลื่อนธุรกิจนวัตกรรมก่อให้เกิดความร่วมมือในการพัฒนาทางด้านนวัตกรรมของประเทศ โดยมีการดำเนินการจัดกิจกรรมเพื่อส่งเสริมการพัฒนาย่านนวัตกรรมในกรุงเทพฯ และในระดับภูมิภาค มาอย่างต่อเนื่องจนถึงปัจจุบัน

ย่านนวัตกรรมในกรุงเทพฯ (Bangkok Innovation District)

• ย่านนวัตกรรมการแพทย์โยธี (Yothi Medical Innovation District: YMID)
• ย่านนวัตกรรมปุณณวิถี (Bangkok Cybertech District)
• ย่านนวัตกรรมอารีย์ (ARI Innovation District )

ย่านนวัตกรรมในระดับภูมิภาค

• ย่านนวัตกรรมการแพทย์สวนดอก (Suandok Medical Innovation District: SMID)
• ย่านนวัตกรรมเกษตรและอาหารแม่โจ้ (Maejo Agriculture Innovation District Development: MAID)
• ย่านนวัตกรรมขอนแก่น (ศรีจันทร์-กังศดาน)  

สำนักงานภาคเหนือหรือ ‘NIA Northern Regional Connect’

ตั้งอยู่ที่อาคารอำนวยการอุทยานวิทยาศาสตร์ภาคเหนือ จ.เชียงใหม่ ดำเนินงานครอบคลุม 8 จังหวัดภาคเหนือตอนบน ได้แก่ เชียงใหม่ เชียงราย พะเยา แม่ฮ่องสอน ลำพูน ลำปาง แพร่ น่าน  และ 3 จังหวัดภาคเหนือตอนล่าง ได้แก่ พิษณุโลก สุโขทัย อุตรดิตถ์ รวม 11 จังหวัด 

โดยสำนักงานภาคเหนือทำหน้าที่เป็นสะพานเชื่อม (System Integrator) ระหว่างกลไกด้านนวัตกรรมกับผู้ประกอบการภาคเอกชน เป็นพื้นที่แลกเปลี่ยนองค์ความรู้ และสร้างกิจกรรมทางด้านนวัตกรรมในพื้นที่ โดย NIA วางแผนพัฒนานวัตกรรมเชิงพื้นที่และภูมิภาค ภายใต้กลไก 3 ด้าน ได้แก่ การสนับสนุนด้านการเงิน (Finance) การสนับสนุนการพัฒนาเครือข่ายภูมิภาค (Network) และการบริหารจัดการข้อมูลอัจฉริยะ (Intelligent)

โครงการการแข่งขันสุดยอดธุรกิจนวัตกรรมประเทศไทย หรือ “นิลมังกร แคมเปญ” 

มีเป้าหมายในการส่งเสริมการพัฒนานวัตกรรมในระดับภูมิภาค (Regionalization) โดยมุ่งเน้นการยกระดับความสามารถด้านนวัตกรรมของผู้ประกอบการส่วนภูมิภาคให้เติบโตเป็นที่ยอมรับและรู้จักในวงกว้าง และเป็นตัวอย่างของการพัฒนานวัตกรรม ผ่านการสื่อสารในรูปแบบของ Edutainment ทำให้เกิดความน่าสนใจและเข้าถึงการพัฒนานวัตกรรมได้ง่ายขึ้น

โดย “นิลมังกร” คือ ตัวแทนของผู้ประกอบการ SME, Startup, Social Enterprise ไทย ที่มีการใช้นวัตกรรมมาสร้างความสามารถในการแข่งขันและสร้างสรรค์สินค้าและบริการที่มีอัตลักษณ์ของพื้นที่ให้มีความแตกต่างจนสามารถสร้างมูลค่าและตราสินค้าให้เป็นที่ยอมรับและรู้จักในวงกว้าง เป็นการยกระดับเศรษฐกิจฐานรากและเศรษฐกิจท้องถิ่นให้มีความเข้มแข็ง ลดการอพยพของแรงงานเข้ามาทำงานในเมืองใหญ่ ซึ่งเป็นรากฐานสำคัญในการพัฒนาเศรษฐกิจของประเทศ

เครือข่ายนวัตกรรมประเทศไทย (Innovation Thailand Alliance)

เป็นเครือข่ายนวัตกรรมระดับประเทศที่รวบรวมหน่วยงานชั้นนำที่เกี่ยวข้องกับนวัตกรรมของประเทศไทย จากทุกภาคส่วน ได้แก่ ภาครัฐ ภาคเอกชน ภาคสถาบันการศึกษา ภาคสังคมเข้ามาร่วมกัน "พลิกฟื้นประเทศ...ด้วยนวัตกรรมไทย" โดยการพัฒนาต่อยอด และขยายผลนวัตกรรมไทยทั้งเชิงพาณิชย์และเชิงสังคมให้ก้าวไกลไปสู่ตลาดโลก ผ่านแนวการดำเนินงานร่วมกัน ดังนี้

1. การร่วมสื่อสารเผยแพร่นวัตกรรม หน่วยงานเครือข่ายฯ และ NIA ร่วมกันนำนวัตกรรมที่สร้างขึ้นหรือให้การสนับสนุนมาสื่อสารเผยแพร่ให้คนไทยทั่วโลก เกิดความตื่นตัวและรับรู้คุณค่าใหม่ทางนวัตกรรมฝีมือคนไทย ที่ทำให้ชีวิตที่ดีขึ้นสร้างรายได้ส่งผลดีต่อสังคมและสิ่งแวดล้อม รวมถึงสร้างให้เกิดภาพลักษณ์ ด้านนวัตกรรมให้แก่ประเทศไทย
2. การร่วมสร้างแรงบันดาลใจนวัตกรรม หน่วยงานเครือข่ายฯ และ NIA ร่วมกันนำนวัตกรรมที่โดดเด่น มาถ่ายทอดองค์ความรู้และแลกเปลี่ยนประสบการณ์ แนวทางการสร้างสรรค์นวัตกรรมที่ก่อให้เกิดประโยชน์ ทั้งด้านเศรษฐกิจ สังคมและสิ่งแวดล้อมซึ่งจะสร้างภาพลักษณ์การเป็นหน่วยงานชั้นนำด้านนวัตกรรม ของประเทศ และสร้างแรงบันดาลใจในการพัฒนานวัตกรรมขั้นในองค์กรทุกภาคส่วนของประเทศไทย
3. การร่วมพัฒนาศักยภาพนวัตกรรม หน่วยงานเครือข่ายฯ และ NIA ร่วมกันพัฒนาศักยภาพด้านนวัตกรรมของบุคลากรและหน่วยงานในเครือข่ายฯ ให้เกิดการเพิ่มศักยภาพบุคลากรในการสร้างสรรค์นวัตกรรมให้แก่องค์กรได้และก้าวสู่การเป็นองค์กรนวัตกรรมทั่วทั้งองค์กร
4. การร่วมพัฒนาต่อยอดและขยายผลนวัตกรรม หน่วยงานเครือข่ายฯ และ NIA นำนวัตกรรมฝีมือคนไทยที่มีศักยภาพมาร่วมกันขยายผลให้เกิดการพัฒนา นวัตกรรม การต่อยอดธุรกิจนวัตกรรมให้เกิดการลงทุนจับคู่ธุรกิจและขยายตลาดนวัตกรรม
5. การร่วมเชื่อมโยงข้อมูลนวัตกรรม หน่วยงานเครือข่ายฯ และ NIA ร่วมกันเชื่อมโยงและแลกเปลี่ยนข้อมูลทางนวัตกรรมเพื่อให้เกิดการสร้างแดชบอร์ดข้อมูล นวัตกรรมประเทศไทยที่โดดเด่น เพื่อใช้สื่อสารสร้างภาพลักษณ์นวัตกรรมของประเทศไทยและนำไปใช้ประโยชน์ต่างๆ

โครงการศูนย์กลางวิสาหกิจเริ่มต้นระดับโลก (Global Startup Hub)

มีกิจกรรมการพัฒนาเครือข่าย ดังนี้

1. กิจกรรมพัฒนาศูนย์กลางวิสาหกิจเริ่มต้นระดับโลก ประจำศูนย์กรุงเทพฯ (Global Startup Hub : BKK)
2. กิจกรรมพัฒนาศูนย์กลางวิสาหกิจเริ่มต้นระดับโลก ประจำศูนย์เชียงใหม่  (Global Startup Hub : CNX)
3. กิจกรรมพัฒนาศูนย์กลางวิสาหกิจเริ่มต้นระดับโลก ประจำศูนย์เศรษฐกิจพิเศษภาคตะวันออก (Global Startup Hub : EEC)